O Prof. João de Deus Pinheiro defendeu, em Estrasburgo, em nome do Grupo do Partido Popular Europeu, que o combate ao terrorismo "exige grande firmeza às instituições e aos Estados, salvaguardando aquilo que constitui a nossa força moral que é a defesa da Democracia, do Estado de Direito e dos Direitos do Homem. Não toleramos o terrorismo, mas não queremos estados policiais".
Numa intervenção no Plenário do Parlamento Europeu, no debate sobre o recente massacre na escola de Beslan, João de Deus Pinheiro classificou este acto de "hiper-terrorismo, por se atacar deliberadamente a crianças".
O Deputado social democrata afirmou que o combate ao terrorismo tem que passar por uma cooperação mais intensa entre governos e instituições e defendeu que "esta cooperação tem espaço para ser melhorada, nomeadamente ao nível dos serviços de informação e do controlo de fluxos financeiros".
A este propósito, João de Deus Pinheiro saudou "o trabalho desenvolvido pela actual Comissão Europeia no âmbito do Espaço de Liberdade, Segurança e Justiça que tem que ser continuado".