Para Pacheco Pereira " o problema é outro, não é apenas o da falta de legislação, a nível nacional ou europeu ou da falta de coordenação das polícias a nível internacional. O problema tem muito mais a ver com as hesitações e debilidades na luta contra o terrorismo, que se manifestam quer no laxismo face a actividades de carácter terrorista, na esperança que os actos de terrorismo se manifestem sempre noutro sítio, quer na lenta deterioração de meios de defesa e segurança, de polícias, serviços de informação e forças armadas. Governos europeus que pensam que as guerras acabaram de vez, e que cortam todos os anos os recursos financeiros disponíveis para defesa e segurança, naturalmente não falam em voz alta contra o terrorismo. Foi por isso que muito do que podia ter sido feito antes, com as leis actuais e sem necessidade de novas leis, não foi feito, ou foi-o apenas agora em estado de emergência. Faltou a vontade política, convém agora que não falte".
Na sua intervenção no Plenário do Parlamento Europeu, Pacheco Pereira afirmou que "colocados perante a gravidade do atentado terrorista de 11 de Setembro contra os EUA e, através desse alvo, contra os fundamentos de um mundo democrático, livre e onde existe o primado da lei, a resposta da União Europeia, após a hesitação inicial, revela hoje mais determinação".
Para Pacheco Pereira "se denunciarmos o que aconteceu em Nova York e Washington apenas como um 'acto criminoso' estaremos desde o início a limitar o alcance, o significado e a eficácia da luta contra o terrorismo. O que se passou é de facto um 'acto de guerra', sem dúvida de uma guerra diferente das anteriores, mas infelizmente, todas as guerras são diferentes das anteriores. São mais mortíferas, atingindo mais civis, não hesitando em usar qualquer meio, mais 'totais'.
Classificar o que aconteceu de 'acto de guerra', acrescentou o líder dos Deputados sociais democratas no Parlamento Europeu, não é uma mera questão semântica. Dela descorrem consequências importantes, a começar pelo direito da nação, ou das nações atingidas - e lembro que a invocação do artº 5 do tratado da NATO significa que as nações da UE, membros da organização, se consideram formalmente atacadas - a responder com acções militares se necessário, em relação ao país ou países que se verifique terem responsabilidades no apoio ou na execução dos atentados terroristas. Foi isto que aconteceu e é isto que acontece".
Pacheco Pereira sublinhou que "só tendo consciência destes problemas e defrontando-os pode o Conselho, a Comissão e o Parlamento estar em condições para defrontar o terrorismo".