Para além da possibilidade de constituição de Comissões parlamentares de inquérito, o PE tem os seguintes instrumentos de fiscalização e controlo sobre o executivo:

- A intervenção na nomeação do Presidente e Comissários:

Após as eleições Europeias, tendo por base os seus resultados, o Presidente do Conselho Europeu consulta o Parlamento sobre um possível candidato a presidente da Comissão Europeia.

Findas as consultas, o Presidente do Conselho propõe um candidato ao Conselho Europeu que delibera por maioria qualificada.

Seguidamente, o Parlamento Europeu tem de decidir por maioria absoluta dos seus membros se concorda ou não com a escolha do Conselho.

Se o presidente for eleito, cada um dos restantes 27 Estados Membro propõe o seu candidato a Comissário, e o Presidente da Comissão Europeia atribui a cada Comissário o seu pelouro.

Mas significa isto que a Nova Comissão já está constituída e em funções?

Não.

Os Comissários indigitados, têm de responder por escrito a cinco questões dos Eurodeputados, seguindo-se uma audição pública de 3 horas no Parlamento, onde os deputados colocam as questões pertinentes para avaliar da capacidade do candidato.

Embora o Parlamento apenas possa votar na Comissão Europeia como um todo, uma avaliação negativa de um dos candidatos poderá levar a que uma candidatura seja retirada e substituída, como aconteceu com a candidata eslovena Alenka Bratušek em 2014.

Após a aprovação de todos os comissários indigitados pelas respectivas Comissões parlamentares, o Parlamento Europeu vota, em sessão plenária, a Comissão Europeia no seu todo.

- O Debate da investidura:

A aprovação da escolha do presidente e dos restantes membros da Comissão tem lugar no seguimento do «discurso de investidura», que a prática constitucional da Comunidade já consagrou: o Presidente designado da Comissão comparece perante o Parlamento Europeu para aí expor, em declaração apropriada, os propósitos do seu "executivo".

O discurso do Presidente designado poderá ser seguido de um «debate de investidura» que permite aos grupos políticos do Parlamento Europeu exprimir os seus pontos de vista, explicitando o que esperam da nova Comissão e desta forma influenciar a orientação da sua acção futura.

- As perguntas escritas e orais:

É permitido ao Parlamento colocar questões sobre qualquer assunto, tanto à Comissão como ao Conselho quer sejam perguntas escritas priotitárias ou não (cada Deputado pode colocar uma Pergunta prioritária por mês), quer sejam orais (para resposta na Sessão Plenária). Anualmente são formuladas e respondidas mais de 5.000 perguntas dos Deputados e dos Grupos Políticos.

- Moção de censura:

O Parlamento pode provocar, através da aprovação de uma moção de censura, a demissão colectiva dos Comissários europeus. É a expressão maior do poder de controlo do Parlamento Europeu sobre a Comissão embora a maioria requerida (2/3 dos presentes desde que superior à maioria absoluta em exercío de funções) represente, na prática, um poder de difícil concretização.

A solidariedade e a colegialidade, que caracterizam a Comissão, excluem a possibilidade de uma moção de censura dirigida individualmente, contra um ou alguns dos seus membros.

- As Resoluções e Recomendações:

As Resoluções do Parlamento Europeu visam exprimir a sua posição sobre uma questão importante ou de princípio, com o objectivo de influenciar a acção da Comissão ou do Conselho e alertar a opinião pública europeia.

As Resoluções são votadas pelo Parlamento a encerrar um debate geral, com base na proposta de resolução elaborada pela Comissão Parlamentar competente na matéria ou pelos Grupos Políticos.